O Proto-Tupí é a língua ancestral de todas as línguas hoje incluídas no tronco Tupi. Trata-se, assim, de uma língua hipotética, reconstruída através do método histórico-comparativo a partir de dados das línguas descendentes (como o Tupinambá, o Guarani, o Aweti, o Munduruku, o Gavião de Rondônia etc.). No Brasil, os estudos histórico-comparativos do tronco Tupi, que servem de base à reconstrução do prototupi, vêm sendo realizados principalmente por duas equipes científicas: uma no Laboratório de Línguas Indígenas (LALI) da Universidade de Brasília, sob a coordenação de Aryon Rodrigues; a outra no Museu Paraense Emílio Goeldi, em Belém, sob a orientação de Denny Moore. O estudo histórico-comparativo vem revelando várias evidências importantes acerca da protocultura tupi (demonstrando, por exemplo, que os ancestrais dos atuais povos Tupi já se dedicavam à agricultura) e da provável região original a partir da qual os falantes das línguas Tupi se dispersaram (provavelmente Rondônia).